El Santoña en los 40 y 50

En esta categoría permaneció dos temporadas, hasta la de 1947-48, en que descendió a Regional, donde debido a una mala racha, los jugadores se hicieron con la sociedad, interviniendo el Ayuntamiento. Hacía 1949 toma las riendas del club José San Román Fernández quien cuenta con Luciano Biurrun para ocuparse de la preparación deportiva del equipo. Éste, que permanece en Regional, vuelve a ascender a Tercera División en la campaña de 1953-54, pues desde mayo de este último año de 1954, el equipo del Santoña es doble Campeón regional. Se prepara para la temporada 1954-55 en Tercera.

Se ficha a Vicente Pedraja González como entrenador. Luciano Biurrun da nombres de jugadores a fichar que ya han probado en partidos amistosos son: Pedro Inestrillas Argos, Jesús Gómez Cadelo y Celedonio Landeria (porteros); Ramiro Castillo Agudo, Nicolás Torralvo Zubieta, Amador Abascal Sánchez, Olegario Rozadilla de la Hoz Gario, y Joaquín Meléndez Labrador (defensas); Emiliano Fernández Fonfría y Pablo Echave González (medios) y Ángel Quirce Rueda, Benito Fernández Loza, Jesús Ibáñez Arriola, Ángel Serrano Fernández, Francisco Santamaría Torre y José González Corada (delanteros). Como Corada procede del Venecia de Santander, se acuerda dar a este club en concepto de gastos para viaje 1.200 pesetas, para un partido a jugar en Santoña el 7 de septiembre de 1954. También por la Cesión de Gario se acuerda un partido amistoso en los Corrales de Buelna.

El Santoña en la temporada 1955-56, en Tercera División, se enfrenta al Pola de Laviana, Avilés, Torrelavega, Rayo, Calzada, Turón, Entrego, Juvencia, y Langreo. En la temporada 1956-57 se enfrenta al Arenas, Torrelavega, Rayo, Begoña, Basconia, Guecho, Valmaseda, Erandio, Portugalete, Padura, Durango, Villosa, Bermeo, Deusto y Laredo. En estas temporadas aunque la plantilla de jugadores será en su mayoría la de la temporada anterior, se hacen otros fichajes. Es la época de Ochoa (portero), Mantilla, Abad, Yosu, Astuy, Chirri, Alonso Imaz, Zalo

En la temporada 1957-58 el Santoña juega en Primera regional contra el Sniace, Nueva Montaña, Laredo, Castro, Guarnizo, San Justo, Barquereño, Astillero, Venecia Será sólo esta temporada., pues vuelve a subir a Tercera en 1959-59, permaneciendo cuatro años.

Uno de los principales problemas que ha tenido la sociedad en estos años es el económico. Para paliarlo las directivas han recurrido a rifas, cuestaciones, y a la subvención del Ayuntamiento. Quizás la primera subvención municipal a figurar en los presupuestos fue la concedida en julio de 1947 en la Corporación atendiendo a varias consideraciones, acordó ayudar al Santoña C.F. con una subvención que no pasara de 15.000 pesetas. Hay que tener en cuenta que en 1955, se habían creado los filiales Deportivo Paloma y Juvenil Juan de la Cosa.